Prédire la structure 3D d’un oligonucleotide simple brin: un challenge encore à relever

Nous sommes heureux d’annoncer la publication de notre article consacré à la prédiction des structures 3D d’ADN simple brin (ssDNA), un enjeu important pour mieux comprendre leurs fonctions biologiques et leur potentiel biotechnologique.

Les travaux intitulés « Predicting Single-Stranded DNA Oligonucleotides1
3D Structures: An Open Issue » sont publiés dans la revue Computational and Structural Biotechnology Journal.

Dans cette étude, nous avons évalué plusieurs approches de modélisation, à partir d’un jeu de données de 97 structures expérimentales couvrant une grande diversité de motifs, notamment des hairpins, pseudoknots, i-motifs et G-quadruplexes. Les résultats montrent que les outils indirects basés sur l’ARN offrent des performances globalement modérées, tandis que l’outil direct dédié à l’ADN obtient les meilleurs scores globaux, malgré une forte variabilité selon les motifs structuraux.

Un enseignement majeur de ce travail est la difficulté persistante à modéliser correctement les structures riches en flexibilité conformationnelle, en particulier les G-quadruplexes. Cela souligne le besoin de méthodes encore plus robustes, capables d’intégrer la variabilité structurale propre aux ssDNA.